Nach dem Verschwinden von Captain Judith übernimmt Luna ihre Position. Bei einem Angriff von Nergal-Larven muss sie gleich beweisen, dass auch sie die Ancient Girls anführen kann.
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Li Xinglan und ihre Freundin Misaki wollen an der Auswahl zur Rekrutierung der Elite-Einheit Ancient Girls teilnehmen. Xinglan ist auf der Suche nach ihrer Schwester, die von einem Einsatz der Ancient Girls nie zurückkehrte. Plötzlich finden sich die beiden inmitten eines Angriffs der Nergal auf die Erde wieder – und müssen völlig unvorbereitet gegen die Außerirdischen kämpfen.
Li Xinglan wird überraschenderweise Mitglied der Ancient Girls. Doch die anfängliche Freude vergeht bald, als sie es nicht schafft, den GS-Frame noch einmal zu fliegen. Captain Judith will sie sogar aus der Einheit ausschließen. So wird der erneute Angriff der Nergal zur doppelten Bewährungsprobe.
Nach der Schlacht bei Borneo begeben sich die Ancient Girls auf ihre erste Weltraummission. Doch zuerst müssen sie einen weiteren Angriff der Nergal abwehren, der schwerwiegende Folgen hat.
Nach dem letzten Nergal-Angriff ist das Energiesystem schwer beschädigt, so dass die Atra-Hasis einen Umweg zum Mars machen muss. Xinglan versucht derweil noch immer, die Kontrolle über die GS-Frames zu gewinnen. Dies wird im nächsten Kampf zur Bewährungsprobe.
Die Ancient Girls müssen auf der Reise zum Jupiter auf dem Mars haltmachen, um den Antrieb der Atra-Hasis reparieren zu können. In den alten Relikten der Nibiru finden sie allerdings mehr als sie erwartet haben.
Im Asteroidengürtel von Troja muss die Crew-Mitglied der Atra-Hasis gefährlichen Trümmern aus der letzten Schlacht ausweichen. Dabei wird auch der Befehl erteilt, auf mögliche Überlebende zu achten. Stattdessen findet Xinglan aber etwas ganz anderes. Plötzlich geschehen seltsame Dinge.
Entgegen aller Erwartungen wird Gandharva im Pazifik gefunden. Während einige nur den GS-Frame bergen wollen, hat ein einzelner Wissenschaftler die Hoffnung nicht aufgegeben, dass die Pilotin am Leben ist und wagt einen riskanten Rettungsversuch.
Die Atra-Hasis folgt weiterhin Ashnars Signalen zum Jupiter. Doch dort erwartet sie noch weitaus mehr als gedacht. Besonders für Xinglan wird die Mission zu einer ganz persönlichen Herausforderung.
Aufgrund eines Befehls von der Erde, alle Aktivitäten einzustellen, muss die Atra-Hasis am Jupiter tatenlos auf neue Anweisungen warten. Doch ein Ancient Girl hat nicht so viel Geduld und handelt auf eigene Faust.
Bei der Rückkehr zur Erde muss die Besatzung der Atra-Hasis mit Entsetzen feststellen, dass die Erde von den Nergals belagert wird. Das Ausschalten der Divine-Grace-Energie schützt sie vorerst, aber schon bald ist klar, dass dies nur eine vorübergehende Lösung ist.
Die Erde ist noch immer von den Nergals umzingelt. Als die Divine-Grace-Unterdrückung ausläuft, scheint das Ende der Welt nahe. Die Ancient Girls müssen ihre wohl schwerste Mission erfüllen. Aber sie bekommen unerwartete Hilfe.
